目前已有许多研究证实，小自噬过程出现障碍与许多疾病相关。如神经退行性病变的阿尔茨海默病，以快速进行性痴呆、肌阵挛和特征性脑电图表现为特点的克一雅病(Creutzfeldt—Jakob disease)，以进行性慢性小脑性共济失调为表现的格斯特曼一施特劳斯纳(Gerstmann—Straussler—Scheinker，GSS)病，膨胀的MVBs在GSS病人的组织中大量存在。多囊肾、心肌衰弱等也与小自噬有关。心肌糖原沉积病(Pompe病)也和糖原不能被液泡正常摄取有关。小自噬与各类疾病的关系引起人们普遍关注，研究也正逐渐深入。

    目前，小自噬的主要功能被认为是维持细胞器的正常大小，保持膜成分在各类型自噬转换流通中量的平衡，以利于营养剥夺中细胞的存活。根据摄取底物的不同，小自噬被分为许多亚类型，但其发生过程基本一致，即膜的融合、小泡的形成、底物被溶酶体或液泡内吞降解等步骤。目前国内外的研究集中在小自噬的形态学方面，在其分子机制及基因调控，与大自噬以及分子伴侣自噬之间功能的交互等方面尚需要作进一步的研究与总结。